Qu'est-ce qu'un bonne aventure de super-héros sans un bon super-vilain ? L'univers DC alternatif INJUSTICE nous avait laissé avec Superman emprisonné par l'équipe de Batman et les super-héros venu de l'univers actuel.
Et avec le grand méchant enfermé, les personnages doivent à nouveau tous s'unir pour combattre un nouvel ennemi : Brainiac. Et malgré la fin de l'histoire précédente, Batman va devoir retourner vers celui qu'il a enfermé lui-même…
Batman: J'ai peur de lui, comment je peux le battre ? Superman: Tu ne peux pas !