« Secret Invasion » se déroule peu après les événements relatés dans AVENGERS : ENDGAME. Lorsqu'il apprend l'existence d'une invasion clandestine de la Terre par une faction de Skrulls métamorphes, Nick Fury rejoint ses alliés – parmi lesquels Everett Ross, Maria Hill et le Skrull Talos, qui s'est établi pacifiquement sur Terre – pour se lancer à leurs côtés dans une course contre la montre. Un seul but les anime : contrecarrer par tous les moyens cet envahissement imminent et sauver l'humanité.