Nous avons tous déjà rêvé de pouvoir changer le passé. Pour Flash, le rêve devient réalité. Grâce à sa super-vitesse, il retourne dans le passé pour sauver sa mère d'un crime fatal. Ses intentions sont bonnes, mais les conséquences de ses actes pourraient bien être désastreuses : en voyageant dans le temps, Flash a créé un univers parallèle dans lequel une guerre entre Wonderwoman et Aquaman fait rage. L'avenir de l'univers est menacé mais Superman est introuvable, et Batman est devenu aigri et violent. Envers et contre tout, Flash s'allie avec Batman et, avec l'aide de l'agent gouvernemental Cyborg, ils se battent pour restaurer l'espace-temps originel et rétablir la paix...
Adaptation du crossover de 2011 du comic book "Flashpoint" par Geoff Johns et Andy Kubert, qui mènera au reboot qui lancera les comics The New 52. En ce qui concerne l'animation, ce film lancera la continuité du DC Animated Movie Universe avec le prochain film intitulé La Ligue des Justiciers : Guerre (Justice League War en version originale).
Flash crée des ondulations qui modifie désastreusement l'Univers. Il doit faire équipe avec d'autres héros pour rétablir la chronologie tandis que la Terre est ravagée par une guerre entre l'Atlantide Aquaman et les Amazones de Wonder Woman.